一些酶在反应过程中需要HSA的参与，我们在CutOne® Buffer中添加了HSA，避免反应中额外添加组分，使得酶切反应更加便捷。

在我们的测试中未曾发现HSA对于雷霆系列限制性内切酶的功能有任何影响。在有些情况下，对于部分的酶切反应有促进作用。

说明书中给出的是最佳反应体系，可以根据具体需求进行适当调整。

酶切不完全的问题可以从这几个方面进行解决：降低底物浓度，提高酶量同时扩大反应体系，或者适当延长反应时间。

雷霆系列限制性内切酶经过改造可以将酶切时间缩短至5~15 min。同样也消除了限制性内切酶的星活性（长时间反应造成的非特异性消化），在说明书中告知的星活性出现的时间范围内可以适当延长反应时间。

限制性内切酶对于下游反应（连接与转化等）有影响，部分限制性内切酶能与双链DNA结合，对于凝胶电泳会产生影响；而且不失活酶切产物不能保存。故反应完成后应对其进行失活处理。常规失活方式为高温热失活，对应各个限制性内切酶的失活温度请查阅说明书。另，部分上样染料中含有SDS可使蛋白变性，苯酚或氯仿的萃取也能使反应终止。

如果额外的酶切条带对于实验结果会产生影响时我们应当考虑星活性对于酶切反应的影响。例如：进行基因型、突变型分析或克隆时我们应当避免星活性的产生。避免星活性的有效方法：适当扩大反应体积（较小的反应体积容易造成甘油体积达到或超过总反应体积的5%）；不进行超长时间孵育（过夜消化极易产生星活性）。

大部分的科研工作者通常遵循如下流程：1 U限制性内切酶可以完全酶切1μg经过纯化的DNA，总体积为20 μl于1×CutOneTM Buffer环境下进行反应。为防止总酶量超过总体积的10%，在双酶切时可以适当扩大反应体系。千万不要孵育超过星活性出现的时间（星活性出现时间请查阅各酶说明书）。另外一个容易被忽略的问题对于酶切的影响也非常大，在反应体系配制完成后完全的混匀才能反应完全，推荐用枪头轻轻吹打3到5次或用手指轻弹管壁，之后用离心机瞬离即可。不要涡旋反应体系，剧烈震荡对酶的活性有极大的影响。

作为酶切反应底物的DNA应该是纯净的没有污染的，其中例如：苯酚、氯仿、酒精、EDTA、去污剂、过量的盐都会抑制酶切反应。部分酶对于DNA的二级结构较为敏感，DNA的缺刻、超螺旋都会对反应产生影响。另外很多限制性内切酶对于DNA的甲基化非常敏感，确保DNA的甲基化类型不会阻止限制性内切酶的反应。如果找不到您的酶切反应不能进行的原因，我们推荐对照DNA底物（有多个酶切位点的DNA底物例如lambda DNA），进行对比反应。如果对照DNA底物能够被切开而您的底物仍旧不能被切开，将两种DNA底物进行混合，进一步确保DNA底物中不存在能够抑制限制性内切酶反应的物质。

雷霆系列限制性内切酶的酶活定义是以15 min反应时间为标准的。增加反应时间应该对应着减少酶的用量，值得注意的是不同的DNA底物对于酶的需求量是不一样的。为了使DNA底物反应完全同时避免非特异切割，使用前一定要仔细查阅酶的反应浓度、反应温度、反应时间、星活性出现时间等。

大多数二型限制性内切酶的识别序列是回文的，而且是特定的碱基序列。然而有些限制性内切酶具有简并性识别位点，也就是说识别位点中有一个或以上的碱基对是非特异的（例如：BsrfI识别5’RCCGGY, R=A/G, Y=C/T）。对于这样的具有简并性识别位点的限制性内切酶，只要是符合要求的序列皆能被识别并且被正确地切割（例如5’ ACCGGC, 5’ ACCGGT, 5’ GCCGGC, 和5’ GCCGGT，其中两个并不是回文的，仍然能被BsrFI识别并且切割）。