运输过程中以干冰保持低温运输，酶有结冰的可能，但是这对于雷霆系列的限制性内切酶的质量没有影响，我们对所有的酶都进行了至少三次的冻融实验，检测结果表示，酶的活性仍旧是100%。您收到的酶可能是冰袋运输的，请不要担心，这仅仅是由当地的经销商运到您的实验室过程中采取的运输方案，我们经过严格的检测，暴露在4℃下经过24~48 h后仍然不受影响。

可以使用EDTA终止反应，或者以SDS等蛋白质变性剂使得酶变性。如果酶切产物还要用于下游实验那么可以用胶回收试剂盒进行DNA清洁，回收后酶切反应就被终止了。

可能原因有如下几个：

　　•　限制性内切酶表现出星活性：确保酶切反应是严格按照说明书推荐的步骤进行的。如果是由星活性引起的那么有以下几个解决方法：①减少反应时间；②增加反应体系的体积；③减少反应中酶的含量。

　　•　酶切不完全（一个或多个酶切位点有部分DNA底物未被切开），可以尝试加多酶量或者延长反应时间。如果上面的尝试不能很好地解决问题，请从DNA底物上寻找解决方案，DNA底物中是否含有酶切反应抑制剂，将DNA纯化后再进行反应；DNA是否被甲基化，胞内的甲基化系统能够使DNA的特定碱基发生甲基化，而这些甲基化的碱基对于酶切反应有着不同程度的抑制。

　　•　被未知限制性内切酶污染：未知的限制性内切酶可能通过不当的操作、不纯净的DNA底物、不洁净的管子等途径掺入酶切反应中。

长时间孵育、过量的酶、高甘油含量（通常高于5%）、较小的反应体系等因素都会导致星活性的产生。

反应体系推荐由这些内容组成：10 μl PCR产物、2 μl 10×CutOneTM Buffer、1~2 μl相应的限制性内切酶、ddH2O补齐到30 μl。酶的用量根据PCR产物的浓度而定，只加入2 μl反应缓冲液的原因是PCR反应中存在对应的盐离子和金属离子，适当减少反应缓冲液的用量以保证最终反应体系中的环境适宜限制性内切酶发挥功能。

雷霆系列限制性内切酶1 U的定义是正好在15 min于20 μl的反应总体系中将1 μg的 DNA底物在1×反应缓冲液的环境中完全消化所需求的酶量。

由于反应时间，反应体系不同，活力单位无法直接换算。雷霆系列限制性内切酶活力单位是依据反应进行定义的，正好在15 min于20 μl的反应总体系中将1 μg的 DNA底物在1×反应缓冲液的环境中完全消化所需求的酶量为1 U，也就是说反应中加入与DNA底物成比例的酶量即可完成反应。

天然限制酶虽然来源于细菌，但同一种 (species) 细菌中，也只有部分基因型或血清型才含有限制酶。比如常见的EcoRI，虽然来源于大肠杆菌(E.coli)，但只有RY13这种菌株才含有EcoRI这种限制酶，而基因工程中常用的大肠杆菌菌株（比如DH5α、Top10、BL21等）是不含有EcoRI的。
另一方面，用于基因工程的工程菌，除了自身不含有常用的Type II类限制酶（见限制酶种类知多少）之外，还会将比较广谱的Type I类限制酶基因也突变掉，确保细菌不会降解转化导入的外来DNA。

重组表达生产的酶制剂都会采取相应的纯化手段去除宿主蛋白和宿主DNA，根据产品用途不同，会制定相应的宿主DNA残留质量标准，正常情况下应该能通过产品COA查询。
一般来说，只要是符合产品质量标准，残留的宿主DNA不会影响使用。但如果要检测大肠杆菌相关的样本，那么普通制剂就不行了，需要标准更高、残留更少的产品。
另外，购买的成品试剂中酶的蛋白浓度都很低，自行纯化或者处理意义不大，还容易引入新的污染。

使用同尾酶分别切割载体和目的片段本质上还是单酶切，载体确实有自连的可能性。一般来说还需要在酶切后使用碱性磷酸酶，将载体的5'端去磷酸化，使5'末端变成羟基。去磷酸化处理后的载体5'-OH和3'-OH不能连接，而目的基因两条链各自的5'端还有磷酸基团，能够在连接酶的作用下与载体的3'-OH之间形成磷酸二酯键。这样连接后双链上各自还有一个缺口，转入大肠杆菌后会在细胞内被修复完整。
请注意，同尾酶切割后的连接效率偏低，实际工作中除非是实在找不到合适的双酶切位点，才会使用同尾酶。比如题主贴的这样图里，如果不是载体上有两个HindIII位点，其实用HindIII和Sau3AI做双酶切是最稳妥的。